ここでは主に初めて熱帯魚を飼う方のために、濾過を中心にお話させていただこうと思います。
ただし、予め申しておきますが、水をきれいにする“濾過”という話については
難しい事を言うと非常に深い話になってしまうので、化学の苦手な私には正直、難しい話は分かりません。
ですが飼育に必要な事だけ少しの事だけ分かっていれば一般的な魚の飼育には充分ですので
こちらをご理解いただければ宜しいかと思います。

更にこれお読みになって濾過について興味を持たれたら、
他のアクアリウム系のサイトを廻るなり検索をしてそちらをご覧下さい。

では、本題へ入ります。
まず“濾過”についてですが、濾過とは魚を飼育していると水が汚れてきて魚に有害なので
その汚れた水を濾して浄化するというものです。

生物濾過

水は透明できれいに見えても必ずしも汚れていないというわけではありません。
魚を飼育していると魚の排泄物 （大半はアンモニアのまま排出される）、餌の食べこぼし、枯れた水草、等々が当然に発生します。
これらは分解されてアンモニアになりますが、このアンモニアは非常に毒性が強く低濃度であっても魚にとって危険になります。
（水槽内の水のｐｈが弱アルカリ性であればアンモニア、弱酸性であればアンモニアよりは毒性の低いアンモニウムイオンになるそうですがここでは問題にしない事にします）
水中のアンモニア濃度が上がると体内のアンモニアの排出が困難になりアンモニア中毒になります。
体をぶるぶる震わせたり、狂ったような泳ぎ方をします。大概、これにかかると死んでしまう事が多いです。
ちなみに薬では治せないので魚の体力任せということになります。

このアンモニアを餌にする濾過バクテリア （ニトロソモナス）によって亜硝酸へと分解されますが、この物質もまだ、危険性は高いです。
この亜硝酸を餌にする濾過バクテリア （ニトロバクター）によって硝酸塩に分解されていきます。
この硝酸塩まで分解されれば毒性は低くなり、ようやく一安心なのですが、硝酸塩も蓄積され高濃度になればまた、魚に有害になります。
この硝酸塩は今日の殆どの水槽内のシステムでは分解しきれないので、
蓄積した硝酸塩は換水によって取り除く事になります。 （極少量は水草に消費されます）
これらの、アンモニア→亜硝酸→硝酸塩という濾過バクテリアによる分解の流れを
生物濾過といい、魚飼育の根幹となる重要な働きです。
魚を上手に飼育するにはバクテリアを上手に飼育するということになります。

この濾過バクテリアは空気中にも存在し、放っておいたら餌さえあれば自然発生するものですが
速やかには必要な数だけのバクテリアは発生しません。（分裂増殖が遅いので）
状況にもよりますが、水槽立ち上げ後、上記の数種の濾過バクテリアが水槽内の水質を維持するに充分な数、発生するまでには約３〜４週間かかります。
尚、アンモニア、亜硝酸、硝酸、それぞれをチェックする試薬も売っていますから
これを使う事で濾過バクテリアの発生具合、水の汚れ具合を知ることも出来ます。
この濾過バクテリアが不十分な期間は毒性の高いアンモニア、亜硝酸が増えすぎないように
餌を控えめにするなり、 換水頻度を上げるなり、パイロットフィッシュを使うなりしますが、
餌が無くてはそれに見合ったバクテリアは殖えませんのでご注意を。
（空の水槽を回していても意味がありません）
ちなみにパイロットフィッシュとはバクテリアの発生を促す為だけに、
水質の悪化にも強い魚 （メダカ、アカヒレなど）を水槽立ち上げ期間にだけ収容するというものです。

ちなみに濾過バクテリアは分解に際し、酸素を必要としますので酸素が不十分な環境では必然的に水質も悪化していきます。

濾過バクテリアは主にフィルター内の濾材に住み着きますが、水中、底床（砂利）にも住み着きます。 （＝砂利を敷くというのは水質の安定に一役かう事になります）
なので一本水槽が立ち上がったら次に水槽を立ち上げるときには濾材や水、底床の一部を分けてやることで速やかな立ち上がりを可能にします。
生物濾過の濾材にはリング状や粒状などのセラミック製の濾材を中心に、
砂利など多孔質（バクテリアの住み着く表面積の広いもの）なものであればよく、様々なものが使われています。）

余談ですが、お店に行くと商品として“〜バクテリア”という薬品が売られていますが使用はお奨めしません。
中身がどういったものなのかはっきりとは分かりませんが、２〜３週間で効果が切れるので、
その頃に 再添加しないといけないというものであり、
これを使用中は自然の濾過バクテリアの発生は期待できないので
結果、継続使用せざるを得ない状況になります。

物理濾過

物理濾過とは目に見える汚れを除去すると言うものです。
その役割は観賞にもよいこともそうですが、
目に見えるようなゴミがフィルター内の濾材に達してしまうことで
濾材を覆い目詰まりさせ、その中の濾過バクテリアを酸欠状態にする事を避けるためです。
物理濾過の濾材には白いウールマットが使われる事が多いです。

化学濾過 （吸着濾過）

水槽内の有害物質を吸着させて水を浄化させるというもの。広義の物理濾過、という感じでしょうか。
化学濾過の濾材には主に活性炭などが使われるが２〜３週間で交換しなくてはいけないので、
生物濾過に代えて化学濾過一辺倒という濾過方法は好ましくありません。
もし使うとすれば、水槽立ち上げ期のバクテリアが不十分なとき、
または何らかの原因により濾過バクテリアを大量に失ってしまったとき等の、
補助的な意味合いでの使用くらいでしょうか。
ちなみに薬も吸着してしまうので、魚の病気の為に薬浴をさせる際には取り除かないと薬の効果を失ってしまいます。
水温

熱帯魚というくくりというのは曖昧なもので、
熱帯魚屋さんに売っている魚は海外の魚ということで
全てが熱帯域に生息する魚ではありません。
一部のクーラーが必要なような高温の苦手な魚を除き、
熱帯域であれ、温帯域であれ、基本的には25〜6℃を維持できればＯＫです。
ヒーターは単体では利用できず、サーモスタットとという温度管理装置と一緒に使います。
現在ではヒーターとサーモが一体になったもの（２６℃固定型）もあります。
高温での病気治療の事も考えると水温調節可能なものを選べば無難でしょう。

日常の管理

水槽が無事立ち上がったら、あとはバクテリアを大事に維持していけば 良いだけです。
バクテリアは魚と同じく生き物ですから水温の急変、水質の急変も避けた方が良いでしょう。
ちなみに水槽にはサイズも形も様々なタイプが有ります。
一般的なのが30cm、36cm、40cm、45cm、60cm、90cm・・・ですが、
水槽サイズが一回り違うだけで実は総水量は倍近くまで増えたりしますので
スペースが許せば少しでも大きい水槽を用意した方が水質、水温の変化が緩やかになり、飼育には有利です。

換水用の水はお湯を混ぜて水槽の水温と合わせた上で、カルキ抜きを用いて 中和します。
中和していない水道水には塩素が残っていてその殺菌作用がバクテリアを激減させてしまうのでこちらも魚と同じく注意が必要です。
以上のことをふまえた上で日常の管理を行います。

前述のように蓄積された硝酸塩を排出するために換水するのですが、
水槽の大きさ（水量の差）や使用しているフィルター、飼育魚の大きさや数によっても
蓄積の度合は変わってきますので、何日おきに換水しなければいけないというのは 言えませんが、
概ね一週間に一度、全水量の1/3の換水が無難でしょう。
一度に水を綺麗にしようと大量の換水を行うと、魚にもバクテリアに水質急変のショックは大きいので避けてください。

底床を敷いているのなら汚れに応じてなるべくこまめに掃除をした方が良いです。
汚れが溜まるとある程度はバクテリアが分解してくれますが
汚れを取り除かなければ水質を悪化や、コケの発生につながります。
換水と同時に汚れを吸い出すもの、汚れだけを取り除くものなど、アクア用品が
数種類ありますのでお好みで選んでください。

また、これも環境によって違いますが、概ね半年に一度くらいはフィルター内の濾材を洗浄します。
ずっと使用していると、バクテリアに分解されたヘドロが溜まって濾材が目詰まりを起こし、
酸素不足に陥る結果、濾過作用が阻害されるからです。
濾過槽を覗いてみて茶色いヘドロが沢山確認できたら洗浄のタイミングです。
（ちなみに正常な状況では土のような臭いがしますが、酷く汚れが溜まってきたときは硫黄の臭いがしてきます、こうなる前に掃除をしましょう。）
洗浄には上述したように水道水は使えませんので、飼育水をとってバクテリアが
あまり落ちないように緩やかに軽くゆすぐ程度で結構です。

物理濾過用のマットはある程度頻繁に、強めに洗っても良いでしょう。
こちらは物理濾過用の濾材への侵入を防ぐものですからもし目詰まりを確認したら洗浄、ないし交換してください。

水質の悪化と病気

白点病や、ポップアイ、松かさ病などに代表されるエロモナス症など、
水槽内に常在する病原菌は水質の悪化や栄養の偏りによって魚が弱っていると 感染し易くなります。
魚が病気になってしまったときは、薬で治す事も大事ですが、
何よりも大事なのは魚が病気になってしまった環境の改善です。
一度病気になっても、環境の改善の措置をしなければ同じ病気を繰り返す事になります。
水合わせ

新しく魚を買ってきたとき等、魚を違う水槽へ移すときときには必ず水合わせをします。
いきなり水質、水温の異なる水槽に放たれるとショックを受けるからです。
特にphの差が大きいとphショックを起こし、死ぬ危険が高くなります。

水合わせはまず、魚の入ったビニールパックを目的の水槽に浮かべます。 （水温を維持、合わせる）
ビニールパック内の水を1/3捨て、水槽内の水を同量ビニールパック内へ注ぎ空気を沢山入れてパンパンになるようにパッキングしてまた水面に浮かべておきます。
２０〜３０分後、また同じように水を交換、これを二度ほど繰り返し更に水槽内の水質に近づける。
更に２０〜３０分経ったところで魚を水槽へ放す。
（店の水質と家の水質の開きが大きい場合や、デリケートな魚種、体力の弱い幼魚を扱う場合には更に慎重に行います。）
寄生虫の持込などを防ぐために網を使用して魚だけを移すのが望ましい。
網は乾いた状態だと魚の粘膜を傷つける恐れがあるので十分に湿らしてから使用します。